قبل تعيينه مديراً للمركز الإقليمي للدول العربية في برنامج الأمم المتحدة الإنمائي المُنشأ حديثاً في عمان، شغل خالد عبد الشافي العديد من المناصب العليا المختلفة في مقر برنامج الأمم المتحدة الإنمائي بنيويورك، كما عمل في المكتب الإقليمي للدول العربية رئيساً لقسم العمليات الإقليمية من 2014 إلى 2015، ورئيساً لشؤون الموظفين من 2012 إلى 2013، ومستشاراً أول للبرنامج ومستشاراً خاصاً من 2009 إلى 2011.
ترأس أيضاً مكتب برنامج الأمم المتحدة الإنمائي في غزة لسنوات عدة (1995-2008)، حيث قاد الأعمال الإنمائية للأمم المتحدة بالشراكة مع السلطة الفلسطينية والمجتمع المدني. كما لعب دوراً قيادياً في ما يتعلق بجهود الأمم المتحدة لإعادة إعمار قطاع غزة وعودة الحياة الطبيعية إليها، إضافة إلى شغله عضوية مجلس مدينة غزة من 1995 إلى 2002 بشكل تطوعي، وترأس أيضاً لجنة بلدية غزة لتطوير المدينة.
أصبح من المتخصصين في المجال الاقتصادي من خلال التدريب، وشغل عضوية مجالس إدارة بعض منظمات المجتمع المدني في فلسطين.
ويُعدُّ خبيراً أيضاً في التحليل السياسي والاجتماعي الاقتصادي وتقديم النصائح، وتخطيط البرامج والعمليات وإدارتها، والرقابة الإدارية، والقيادة وبناء الفرق، والعلاقات مع الجهات المانحة والمفاوضات متعددة الأطراف.